La Chrono-nutrition respecte le corps en tenant compte de son horloge biologique interne et de sa production d'enzymes et d'hormones.
Les enzymes sont des protéines produites par l'organisme, qui jouent un rôle notamment dans le processus de digestion. Quant aux hormones, ce sont également des sécrétions, qui stimulent ou inhibent les fonctions de nos organes. En activité le jour et la nuit à des moments précis, ces protéines et molécules sont vitales pour l'équilibre biologique mais s'affolent dès lors qu'elles ne reçoivent plus ce dont elles ont besoin et logiquement, ne remplissent plus leur rôle de régulation. La Chrono-nutrition rétablit donc cet équilibre naturel, avec une alimentation ciblée en fonction de leur activité.
Ainsi, le corps est préparé le matin pour utiliser au mieux et transformer des aliments gras et des sucres lents.
 
Mais qu'en est-il des travailleurs de nuit ou des personnes qui vivent en horaires décalés ? La réponse est très simple : la constitution du corps humain étant d'une remarquable précision, le cycle du cortisol - une hormone dont la tâche est principalement d'augmenter la glycémie - régit les apports nutritionnels. Ainsi, ce cycle étant basé sur les zones d'action et de repos complet, il bouge au rythme de l'organisme qui, s'il est bien nourri, se porte au mieux de sa forme.
 
Les règles de la diététique traditionnelle nous ont appris depuis des lustres que le petit-déjeuner se doit d'être le repas le plus consistant de la journée, celui qui fournit le carburant nécessaire permettant à tous les organes d'assurer un bon fonctionnement tout au long de la journée. De même, il est généralement admis que le repas de midi doit être complet dans de raisonnables proportions, et celui du soir plutôt léger.« Le corps ne métabolise pas les aliments de la même façon en fonction des différents moments où ils sont ingérés, et en tenant compte du rythme de vie. » Quant au goûter, il est parfois toléré à condition d'être ultra-léger, mais le plus souvent facultatif.
Bousculant ces idées reçues, la Chrono-nutrition en garde certains principes de base, mais en balaye l'essentiel.
 
Voici la répartition globale qu'elle propose dans les prises alimentaires : gras le matin, dense à midi, sucré l'après-midi, léger le soir.

Il est à noter qu'il s'agit toujours d'associations de corps gras et de protéines, auxquels s'ajoutent des sucres, des fibres et de l'eau.
Encore une fois, ce programme est applicable à tous, y compris les personnes dont on penserait a priori qu'il ne leur est pas adapté. Pour les populations les plus fragiles ou dont les besoins sont particuliers comme les enfants, les femmes enceintes ou allaitantes, et les personnes âgées, il suffit d'augmenter la dose de fromage le matin et d'en prendre également à midi pour qu'il n'y ait pas de carence. En effet, leur organisme nécessite plus de gras et de protéines de base, les premiers pour grandir, les secondes pour nourrir leurs bébés et les derniers pour éviter l'ostéoporose.