La cystite est une affection qui atteint le plus souvent la femme car son urètre est très court, l’orifice vulvo-vaginal est très vaste, comparé au méat urétral de l’homme, et tapissé d’une muqueuse. Il est donc très perméable aux germes qui, le plus souvent, se propagent par les voies naturelles.

Normalement, les urines sont stériles et l’on a vu des prisonniers privés de boisson survivre en buvant leur urine, ce qui a permis à leurs reins de les reconcentrer et ainsi de ralentir les effets de la déshydratation.
 
Les signes de la cystite sont la pollakiurie (envie fréquente d’uriner, parfois seulement quelques gouttes), une miction douloureuse avec des brûlures, une émission de sang (l’hématurie). Il peut également y avoir de la fièvre qui, si elle est importante, peut être associée à une douleur lombaire localisée et évoquer une pyélonéphrite.
 
L’infection urinaire peut remonter l’arbre urinaire de proche en proche et ainsi atteindre les reins. On parle alors de pyélonéphrite, ce qui correspond à une infection rénale aiguë provenant de l’arbre urinaire, par opposition à la glomérulonéphrite qui est une infection rénale provenant du milieu intérieur. L’atteinte rénale est grave car les germes provoquent même parfois des abcès du rein, lequel peut être endommagé ou détruit. Or, rappelons-le, le rein est un organe vital, et l’insuffisance rénale conduit à la dialyse. L’infection peut également gagner le milieu intérieur, déclencher une septicémie et mettre ainsi en cause le pronostic vital.
Toute infection urinaire doit donc être rapidement prise en charge et traitée avec des antibiotiques.« Il existe un nouveau traitement de la cystite : la Canneberge, qui pourrait bien lutter contre les cystites récidivantes » On peut également y ajouter des antispasmodiques et des antalgiques antipyrétiques (médicaments destinés à lutter contre les douleurs et la fièvre comme paracétamol).
L’examen clé de l’infection urinaire est l’E C B U  ou examen cytobactériologique des urines. Il se réalise au laboratoire d’analyses médicales. Le prélèvement doit être effectué avec des précautions particulières pour ne pas détecter des germes extérieurs à la vessie et qui donneraient un résultat faussement positif
 
Après avoir pratiqué un nettoyage de la vulve, on va recueillir seulement le milieu de la miction dans un tube stérile, alors que le début et la fin seront rejetés. Le but est de s’assurer que l’urine testée provient uniquement de l’intérieur de la vessie et qu’elle n’a pas été souillée. La mise en culture du prélèvement sur des milieux propices au développement et à la multiplication des bactéries va mettre en évidence le germe responsable de l’infection urinaire.
Pour qu’il  y aie une infection urinaire patente, il faut retrouver au moins 100 000 germes par millilitre d’urine. Il va éventuellement s’y associer un nombre élevé de leucocytes (globules blancs) et d’hématies (globules rouges) qui traduisent la présence microscopique de sang. S’il y a des leucocytes altérés, cela signifie qu’il y a présence de pus. Le germe responsable est le plus souvent un colibacille, (Escherichia Coli est sa dénomination latine indiquée sur le résultat d’analyse). Comme son nom l’indique, ce germe provient du colon ou gros intestin et il est abondant dans les selles.