Les aliments, après avoir été mastiqués dans la bouche, traversent l'œsophage et arrivent dans l'estomac où ils sont digérés en deux ou trois heures, puis ils commencent leur long cheminement dans l'intestin grêle qui débute par le duodénum. Le canal cholédoque s'abouche à ce niveau et déverse la bile formée dans le foie et stockée dans la vésicule qui la chasse au moment de la digestion. Cette bile mélangée au bol alimentaire va faciliter la digestion ainsi que le suc pancréatique qui arrive au même niveau. Le bol alimentaire va ensuite continuer sa longue progression dans le jéjunum et l'iléon (intestin grêle qui est long de plusieurs mètres). Tout au long du grêle, la circulation mésentérique ramène les éléments nutritifs puisés dans le tube digestif vers le foie où ils seront traités par cette véritable usine chimique de l'organisme. La digestion se poursuit ensuite dans le côlon où le bol alimentaire parvient, après avoir franchi la valvule iléo-cæcale pour atteindre le côlon droit (ou ascendant).« « Il faut éviter de faire une fixation sur la nécessité d’aller à la selle tous les jours, en croyant qu’il y a un besoin de se purger, et donc éviter les laxatifs drastiques » » L'appendice, zone très sensible, se trouve à proximité.
La transformation du bol alimentaire en bol fécal se fait principalement dans le colon (le gros intestin  par opposition à l'intestin grêle).
Tout au long de son trajet (le transit), le boyau fait progresser son contenu par des mouvements de constriction et de relâchement comparables à ceux d'un serpent qui avale sa proie et que l'on appelle le péristaltisme intestinal. Pour que cette progression se fasse normalement, il faut que la musculature lisse de l'intestin soit assez puissante (tonique). Le volume du bol fécal doit être suffisant et convenablement hydraté sinon la progression des matières est douloureuse et plus difficile. Si la réabsorption de l'eau contenue dans le bol alimentaire est trop importante et si le colon est trop tonique (hyper spasmodique), le transit sera ralenti et le bol fécal réduit, ce qui aboutira également à la constipation.